すべてはここに書いてあるかも。
http://www.idroidproject.org/wiki/FAQ
昨晩は野良apkの直インストやってみようと試みて、/private/var/sdcardへ設置してmanager立ち上げたけどapk認識していなかった。マニフェストの問題かsdエミュの問題か追う時間も気力もなかったので(想像するにそのmanagerそのものが違うmanagerじゃないのかと今にして思う)、ホエホエと他のアプリ触っていたんだけど、恐ろしいくらいに放置していたことが判明。

ところで、リカバリとDFUの違いてiptユーザならば必須の知識だと思うんですよ。